结果显示,虽然AlphaFold3在预测整体GPCR骨架结构方面比AlphaFold2表现出更好的性能,但在配体(尤其是离子、多肽和蛋白质)结合方面,预测结果与实验结果之间仍然存在显著差异。该研究还评估了预测结构在各种配体类型中的准确性,量化了结合口 ...
美国食品和药物管理局(FDA)批准的近35%的药物靶向G蛋白偶联受体(GPCRs),这是一组嵌入细胞膜的蛋白质,使细胞能够进行交流。其中,粘附G蛋白偶联受体(aGPCRs)在人类中形成了第二大家族。顾名思义,aGPCRs促进细胞粘附,或细胞粘在一起的能力,同时在体内传递信号。
该文章收集了AlphaFold3(AF3)发布后的GPCR-配体复合物实验结构,并从整体结构的准确性、口袋预测能力、复合物预测能力和可变区预测效果方面全面评估了AF3在GPCR-配体复合物方面的表现,并为进一步改进蛋白质结构预测工具提出了建议。 AF3于2024年5月发布 ...
传统C类GPCR具有严格的二聚体的特征和能识别小分子配体的大胞外区域,然而,GPR156是极为特殊的一种,其序列上缺乏传统的大胞外区域,因此其二聚体的结构组成和激活机制可能不同于已知的其他C类受体。