2020年进行的一项系统发育分析发现水鱼龙是扁鳍鱼龙亚科成员，也是该亚科最进阶的物种之一。 [3] 种系发生学 以下分支图来自泽维科夫与雅各（2020年）的分析，显示了本属在大眼鱼龙科中可能的系统发育位置。 [6] ...